Самый поздний храм генуэзского времени был возведен буквально на обгорелом мраморном полу, внутри стен своего предшественника X-XIII веков, а тот в свою очередь перекрывал фундаменты и пол ещё более раннего храма. От первоначального сооружения уцелел большой фрагмент шикарного мозаичного пола. В центре композиции - фигуры двух павлинов, клюющих виноградные ягоды на лозе, растущей из чаши. Композицию обрамляет орнамент в виде плетёнки, в причудливых изгибах которой помещены изображения птиц, плодов и цветов. Исследователь датировал свою находку, а следовательно, и ранний храм, IX-X веками, а ближайшие аналогии мозаике из Симеиза совершенно обоснованно усмотрел среди работ мастеров Херсонеса. Но самое любопытное заключается в том, что херсонесские мозаики намного старше и датируются ранневизантийским временем - не позже VI-VII веков. Сюжетная композиция и каждое из изображений несут глубокий символический смысл, восходящий к первым векам христианства, с его ещё не устоявшимися традициями и образами. Так что будет вовсе не удивительно, если в ходе новых исследований появятся данные, которые позволят отнести симеизский храм к ранневизантийскому времени. Первоначальный план его может оказаться сложнее, не лишним было бы поискать следы боковых помещений-нефов (неф - вытянутая в длину, часто прямоугольная в плане; часть помещения: базилики, крестово-купольного храма и др. Неф ограничивается с двух сторон отдельно стоящими опорами).
В свете имеющихся данных история строительства на Панеа представляется следующим образом. Предполагается, что первоначально склоны горы занимали постройки укрепленного греческого монастыря. Заметим, что, кроме храма, ничего свидетельствующего о жизни здесь монашеской общины пока не обнаружено (один храм - это ещё не монастырь). Остатки построек и то, что археологи называют «культурным слоем», отнюдь не ограничено периметром стен. Следы кладок и разнообразный керамический материал, в том числе и относительно ранний, встречаются на значительной площади вокруг подножия Панеа и в западной части парка. Ещё около века назад на территории ближайших к Панеа дач находили средневековые погребения.
Очевидно, здесь существовало крупное приморское поселение. Судя по такой диковине, как храм с мозаиками, оно поддерживало отношения как минимум с Херсонесом, а то и с Царьградом. К X веку подобные местечки Южнобережья - Алушта, Гурзуф, Партенит, возможно, Ялта и Балаклава - уже являлись маленькими городами, или, по крайней мере, поселениями, имеющими все предпосылки ими стать. В таком случае первые укрепления на склонах Панеа возникают как цитадель поселения и возможное место пребывания некоего административного лица, представляющего здесь интересы «центра».
Комплекс ранних сооружений Панеа погиб в пожаре в конце XIII века (видимо, монголо-татары «отметились»), но жизнь поселения не угасла. В XIV - XV веках контроль над Южнобережьем стремятся захватить латиняне-генуэзцы, желая видеть земли от современной Балаклавы до Судака в составе административного округа Капитанства Готии. Амбициозные местные владетели - сидевшие на Мангупе князья Феодоро - также полагали себя хозяевами приморских территорий. Кому платили подати местные жители, не вполне ясно, видимо тому, кто первым ограбит...
На протяжении полувека сохраняется военная напряженность, периодически вспыхивают бурные конфликты. Когда фортуна улыбалась генуэзцам, следовала очередная попытка привести Южнобережье к покорности. Для поддержания их присутствия периодически организовывались крейсерства военных галер и возводились крепости на побережье.
Звеном в цепочке небольших опорных пунктов на неспокойном берегу стал замок на удобной скале Панеа (ближайшим генуэзским поселением к нему на западе была Балаклава, а на востоке - Ялта). Такому выбору способствовало наличие якорной стоянки и некоторого подобия бухты. В случае необходимости какую-либо поддержку крохотному гарнизону этой, в сущности игрушечной, крепости можно было оказать только морем. О том, насколько эффективно латиняне контролировали округу и каковы были их отношения с местным населением, пока можно только догадываться.
Момент истины как для генуэзцев, так и для феодоритов настал в 1475 году, когда в Крыму высадилась многотысячная турецкая армия. Если не считать длительной и кровопролитной осады Мангупа, всё закончилось в считанные недели. Вряд ли кто-то вспомнил об отдалённом замке, предоставленном самому себе. Надо полагать, что его гарнизон не сдался и оказал османам сопротивление, которое, конечно, не могло быть продолжительным. Свидетельство тому - следы разрушительного пожара, уничтожившего укрепление.
За жестоким нашествием последовало умиротворение и три века относительного покоя, законности и порядка под чутким султанским правлением. Южный берег полуострова входил в состав собственно османских владений, куда не распространялась власть крымских ханов. Состав населения не оставался неизменным: в XVI - XVII веках здесь обосновались выходцы с противоположного берега Черного моря, центральных областей Малой Азии и Северного Кавказа, так что этническая история южнобережных татар отличается особым своеобразием и сложностью. Население вполне органично восприняло идеи ислама, и за три столетия традиции христианского вероисповедания сошли на нет.
Ко времени благодетельного присоединения Крыма к России христианского населения в районе Лименской долины уже не осталось, однако название, возможно, последнего из некогда существовавших здесь христианских храмов - Ай-Ян, то есть храм Святого Иоанна, ещё оставалось на слуху. Находился он в средней части Лименской долины и известен благодаря одноименному источнику, истекающему из-под руин храма. Естественно, столь примечательное место - «аязма» (от греческого «агиасма» - освященное питье) - пользовалось популярностью и у христиан, и у мусульман. В случае болезни кого-то из членов семьи местные татары приносили на это место лоскут от одежды больного и с молитвой прикрепляли его к ветвям растущего над источником ясеня, рядом с образком святого Иоанна Предтечи.